Wahyu Prasetyo melakoni laga debutnya bersama Timnas Indonesia saat melawan Australia di Kualifikasi Piala Dunia 2026, Selasa (10/09/2024). Wahyu masuk pada menit ke-86 menggantikan Sandy Walsh. Di waktu yang tersisa, ia berhasil membawa Skuad Garuda mengimbangi Australia. Pelatih Timnas Indonesia, Shin Tae-yong mengungkapkan bahwa pilihannya memasukkan Wahyu Prasetyo daripada Asnawi adalah karena pemain Malut United tersebut lebih cenderung bertahan. Timnas Indonesia kini menempati urutan keempat dengan raihan 2 poin setelah laga yang berakhir dengan skor kacamata tersebut.